Publications by Eduardo PM
CODON MUTATIONS - TGGCGCCA
Este pipeline es para hacer una reconstrucción ancestral de secuencias y crear un grafo con toda la información de las transiciones. Obtención de datos En este pipe voy a utilizar un clado de 6 especies de calothrix: File Accesion Calothrix_sp_336-3_336-3.gbff GCF_000734895.2 Calothrix_sp_NIES-3974_NIES-3974.gbff GCF_002368395.1 Calothrix_s...
8664 sym R (33564 sym/66 pcs) 16 img 1 tbl
METODOLOGIA
1 MÉTODOS 1.1 DATOS GENÓMICOS Se descargaron 4 conjuntos de genomas de cianobacterias del servidor del NCBI (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/browse/#!/prokaryotes). Estos 4 conjuntos corresponden a: 216 genomas completos (complete) 269 genomas completos y aquellos que solo contenian el cromosoma (complete_chr) 97 genomas usados en Elhai, J....
18141 sym 12 img 3 tbl
CODON MUTATIONS
Este pipeline es para hacer una reconstrucción ancestral de secuencias y crear un grafo con toda la información de las transiciones. Obtención de datos En este pipe voy a utilizar un clado de 6 especies de calothrix: File Accesion Calothrix_sp_336-3_336-3.gbff GCF_000734895.2 Calothrix_sp_NIES-3974_NIES-3974.gbff GCF_002368395.1 Calothrix_s...
5964 sym R (30172 sym/47 pcs) 9 img 1 tbl
Reconstrucción Ancestral de Secuencias - GENOMAS - CGGCGCCG - PCC_7716
Obtencion de datos para la alineación Antes que nada. Cada genoma puede contener ID’s correspondientes a plasmidos. En este tutorial solo usare los cromosomas de cada especie. Es decir, omitiremos los plásmidos. ## /home/lalibelulalo/PIPELINES_2023/ASR_GENOMES/Callothrix_clade/fna for f in *.fna; do seqkit split --by-id $f;done Luego creo una c...
9025 sym R (29584 sym/110 pcs) 13 img
Reconstrucción Ancestral de Secuencias - GENOMAS - AGGCGCCT - PCC_7716
Obtencion de datos para la alineación Antes que nada. Cada genoma puede contener ID’s correspondientes a plasmidos. En este tutorial solo usare los cromosomas de cada especie. Es decir, omitiremos los plásmidos. ## /home/lalibelulalo/PIPELINES_2023/ASR_GENOMES/Callothrix_clade/fna for f in *.fna; do seqkit split --by-id $f;done Luego creo una c...
9004 sym R (29657 sym/110 pcs) 13 img
Reconstrucción Ancestral de Secuencias - GENOMAS - GCAATTGC - PCC_7716
Obtencion de datos para la alineación Antes que nada. Cada genoma puede contener ID’s correspondientes a plasmidos. En este tutorial solo usare los cromosomas de cada especie. Es decir, omitiremos los plásmidos. ## /home/lalibelulalo/PIPELINES_2023/ASR_GENOMES/Callothrix_clade/fna for f in *.fna; do seqkit split --by-id $f;done Luego creo una c...
9002 sym R (37126 sym/111 pcs) 13 img
Reconstrucción Ancestral de Secuencias - GENOMAS - TGGCGCCA - PCC_7716
Obtencion de datos para la alineación Antes que nada. Cada genoma puede contener ID’s correspondientes a plasmidos. En este tutorial solo usare los cromosomas de cada especie. Es decir, omitiremos los plásmidos. ## /home/lalibelulalo/PIPELINES_2023/ASR_GENOMES/Callothrix_clade/fna for f in *.fna; do seqkit split --by-id $f;done Luego creo una c...
9003 sym R (29747 sym/110 pcs) 13 img
Reconstrucción Ancestral de Secuencias - GENOMAS - GCGATCGC - 336-3
Obtencion de datos para la alineación Antes que nada. Cada genoma puede contener ID’s correspondientes a plasmidos. En este tutorial solo usare los cromosomas de cada especie. Es decir, omitiremos los plásmidos. ## /home/lalibelulalo/PIPELINES_2023/ASR_GENOMES/Callothrix_clade/fna for f in *.fna; do seqkit split --by-id $f;done Luego creo una c...
9033 sym R (37517 sym/110 pcs) 13 img
Ancestral Sequence Reconstructio - ORTHOLOGUES - Calothrix clade - AGGCGCCT - NIES-4071
Este pipeline es para hacer una reconstrucción ancestral de secuencias y crear un grafo con toda la información de las transiciones. Obtención de datos En este pipe voy a utilizar un clado de 6 especies de calothrix: File Accesion Calothrix_sp_336-3_336-3.gbff GCF_000734895.2 Calothrix_sp_NIES-3974_NIES-3974.gbff GCF_002368395.1 Calothrix_s...
9279 sym R (39504 sym/121 pcs) 13 img 1 tbl
Ancestral Sequence Reconstructio - ORTHOLOGUES - Calothrix clade - ACGCGCGT - NIES-4071
Este pipeline es para hacer una reconstrucción ancestral de secuencias y crear un grafo con toda la información de las transiciones. Obtención de datos En este pipe voy a utilizar un clado de 6 especies de calothrix: File Accesion Calothrix_sp_336-3_336-3.gbff GCF_000734895.2 Calothrix_sp_NIES-3974_NIES-3974.gbff GCF_002368395.1 Calothrix_s...
9279 sym R (39095 sym/121 pcs) 13 img 1 tbl