Publications by Eduardo PM
Ancestral Sequence Reconstructio - ORTHOLOGUES - Calothrix clade - GCGATCGC - 336-3
Este pipeline es para hacer una reconstrucción ancestral de secuencias y crear un grafo con toda la información de las transiciones. Obtención de datos En este pipe voy a utilizar un clado de 6 especies de calothrix: File Accesion Calothrix_sp_336-3_336-3.gbff GCF_000734895.2 Calothrix_sp_NIES-3974_NIES-3974.gbff GCF_002368395.1 Calothrix_s...
9193 sym R (37781 sym/116 pcs) 13 img 1 tbl
Ancestral Sequence Reconstructio - ORTHOLOGUES - Calothrix clade - CGGCGCCG - NIES-4071
Este pipeline es para hacer una reconstrucción ancestral de secuencias y crear un grafo con toda la información de las transiciones. Obtención de datos En este pipe voy a utilizar un clado de 6 especies de calothrix: File Accesion Calothrix_sp_336-3_336-3.gbff GCF_000734895.2 Calothrix_sp_NIES-3974_NIES-3974.gbff GCF_002368395.1 Calothrix_s...
9268 sym R (37884 sym/120 pcs) 13 img 1 tbl
Reconstrucción Ancestral de Secuencias - TGGCGCCA - PCC_7716
Este pipeline es para hacer una reconstrucción ancestral de secuencias y crear un grafo con toda la información de las transiciones. Obtención de datos En este pipe voy a utilizar un clado de 6 especies de calothrix: File Accesion Calothrix_sp_336-3_336-3.gbff GCF_000734895.2 Calothrix_sp_NIES-3974_NIES-3974.gbff GCF_002368395.1 Calothrix_s...
9230 sym R (35481 sym/109 pcs) 13 img 1 tbl
Ancestral Sequence Reconstructio - GENOMES - Thermosynechococcus clade - CAGGCCTG
Obtencion de datos para la alineación Antes que nada. Cada genoma puede contener ID’s correspondientes a plasmidos. En este tutorial solo usare los cromosomas de cada especie. Es decir, omitiremos los plásmidos. for f in *.fna; do seqkit split --by-id $f;done Luego creo una carpeta (only_chromosomes) y paso ahi los Fasta correspondientes a los ...
8505 sym R (39987 sym/138 pcs) 25 img
Ancestral Sequence Reconstructio - GENOMES - Synechococcus/Cyanobium clade - GCGATCGC
Obtencion de datos para la alineación Antes que nada. Cada genoma puede contener ID’s correspondientes a plasmidos. En este tutorial solo usare los cromosomas de cada especie. Es decir, omitiremos los plásmidos. for f in *.fna; do seqkit split --by-id $f;done Luego creo una carpeta (only_chromosomes) y paso ahi los Fasta correspondientes a los ...
8328 sym R (34484 sym/114 pcs) 17 img
Ancestral Sequence Reconstructio - GENOMES - Pseudoanabaena clade - GGGATCCC
Obtencion de datos para la alineación Antes que nada. Cada genoma puede contener ID’s correspondientes a plasmidos. En este tutorial solo usare los cromosomas de cada especie. Es decir, omitiremos los plásmidos. for f in *.fna; do seqkit split --by-id $f;done Luego creo una carpeta (only_chromosomes) y paso ahi los Fasta correspondientes a los ...
8211 sym R (34397 sym/102 pcs) 13 img
Ancestral Sequence Reconstructio - GENOMES - Pseudoanabaena clade - GGGATCCC
Obtencion de datos para la alineación Antes que nada. Cada genoma puede contener ID’s correspondientes a plasmidos. En este tutorial solo usare los cromosomas de cada especie. Es decir, omitiremos los plásmidos. for f in *.fna; do seqkit split --by-id $f;done Luego creo una carpeta (only_chromosomes) y paso ahi los Fasta correspondientes a los ...
8435 sym R (43483 sym/132 pcs) 23 img
Ancestral Sequence Reconstructio - GENOMES - Cyanobacterium clade - GCGATCGC
Obtencion de datos para la alineación Antes que nada. Cada genoma puede contener ID’s correspondientes a plasmidos. En este tutorial solo usare los cromosomas de cada especie. Es decir, omitiremos los plásmidos. for f in *.fna; do seqkit split --by-id $f;done Luego creo una carpeta (only_chromosomes) y paso ahi los Fasta correspondientes a los ...
8198 sym R (31663 sym/94 pcs) 5 img
Ancestral Sequence Reconstruction - GENOMES - Callothrix clade
Obtencion de datos para la alineación Antes que nada. Cada genoma puede contener ID’s correspondientes a plasmidos. En este tutorial solo usare los cromosomas de cada especie. Es decir, omitiremos los plásmidos. for f in *.fna; do seqkit split --by-id $f;done Luego creo una carpeta (only_chromosomes) y paso ahi los Fasta correspondientes a los ...
8752 sym R (34945 sym/104 pcs) 13 img
Ancestral Sequence Reconstructio - Cyanobacterium clade
Este pipeline es para hacer una reconstrucción ancestral de secuencias y crear un grafo con toda la información de las transiciones. Obtención de datos En este pipe voy a utilizar un clado de 6 especies: File Accesion Candidatus_Atelocyanobacterium_thalassa_isolate_ALOHA.gbff GCF_000025125.1 Crocosphaera_subtropica_ATCC_51142.gbff GCF_000017...
8777 sym R (25701 sym/80 pcs) 4 img 1 tbl