Publications by Cardenas-Rivera, A.
NetworkAnalysis
Analisis de redes biolóligicas Introducción Hasta ahora lo que hemos visto es el comportamiento de un gen en especifico, miendo su actividad como una relación directa a la cantidad de expresión relativa de este (qRT-PCR). Despues hemos visto como a partir de una secuenciación masiva como los microarreglos podemos determinar los genes que esta...
6139 sym R (1756 sym/21 pcs) 4 img
ComiteEtica_IFC
ANALISIS FIGURA 4E Importando datos de puntos db <- read.csv("~/Downloads/ComiteEtica/ComiteEtica_db.csv") knitr::kable(db) Point Type Location Value 1 Marker 910.0 0.00 2 Marker 621.5 100.00 3 Marker 331.5 200.00 4 Marker 39.5 300.00 5 RiseNif 457.5 156.27 6 RiseNif 401.5 175.56 7 RiseHET 595.5 108.71 8 RiseHET 571.5 116.98 9 RiseHET 49...
253 sym R (1393 sym/9 pcs) 1 img 1 tbl
Basic Microarray analysis
MICROARRAY En español “Microarreglos”, fue una tecnología de vertiginoso ascenso en los mediados y finales de los 90’s, pero que fue rápidamente desplazadqa por la “Secuencienación de nueva Generación”. Todo el desarrollo de la técnologia de los microarreglos se vio pronto desfazado por este último, pese a todos los algortimos y ot...
9057 sym R (14408 sym/63 pcs) 7 img 3 tbl
qRT-PCR
PCR analysis 1. Indroducción A. Generalidades Como comentamos en clase, podemos dividir la técnica en dos grandes tipos (no son los únicos, pero por cuestiones didacticas los podemos agrupar así): qRT-PCR: PCR en tiempo real cuantitativo. endpoint PCR: PCR punto final. La mayor ventaja del primero es que nos da datos cuantitativos de la con...
5880 sym R (1497 sym/20 pcs) 3 img
Enrichment Analysis
ANALISIS DE ENRIQUECIMIENTO A. Instalación de paquetería Primero debemos instalar el paquete “biomaRt” con el instalador “BiocManager”. ## Bioconductor version '3.16' is out-of-date; the current release version '3.17' ## is available with R version '4.3'; see https://bioconductor.org/install ## Bioconductor version 3.16 (BiocManager 1....
3947 sym R (2106 sym/17 pcs) 2 tbl
ejercicio de nancycat, adegenet + PCA
EJERCICIO DE NANCY CATS A. Librería e importación de paquetería Primero cargamos la libreria adegenet y la base de datos nancycats que esta incrustada en el paquete adegenet y que podemos llamarlo a nuestro entrono de trabajo con la función data(). Note, que no es necesario asociar a un nombre el resultado de la función data(). El objeto que ...
4602 sym R (3394 sym/35 pcs) 3 img
Sequence analysis 2
Rho - continuación library(ggplot2) library(seqinr) seqinr::choosebank("genbank") sars2 <- seqinr::query("sars2", "AC=MN908947") covid19 <- unlist(seqinr::getSequence(sars2)) rho1 <- seqinr::rho(covid19) # guardamos el resultado de rho en un objeto rho1 <- rho1 - 1 # le restamos 1 rho1 <- as.data.frame(rho1) # convertimos el objeto...
3243 sym R (2879 sym/11 pcs) 4 img
Sequence Analysis
INSTALACION DE PAQUETES EN R Introducción Las paqueterias en R se encuentran en tres respositorios grandes (los repositorios son sitios donde se almancenan los paquetes): CRAN: repositorio oficial de R. Github: repositorio que albergan paquetes, funciones y otras paginas de R y otros lenguajes de programación (su uso y popularidad está crecien...
4862 sym R (17212 sym/34 pcs)
Introducción a los análisis de datos biológicos
Introducción Las secuencias son fundamentales en la bioinformática. Nosotros trabajamos con secuenicas desde el inicio de la disciplina, algo más de 50 años. Las estruccturas biológicas como proteínas y nucleótidos están representados usualmente como cadena de caractres. Estas cadenas de caracteres están almacenadas y accesibles desde re...
3956 sym R (7704 sym/19 pcs) 5 img
Polar plot
Polar plot Datos generados a partir de rata R3, los datos fueron procesados con el script de ImageJ en la computadora de Ricardo. NOTA: Se corrio parte de la imagen, porque se transformó en tif. Repetir con el archivo original “.czi”. Las gráficas se realizarán tomando como ejemplo: https://www.r-graph-gallery.com/2d-density-plot-with-ggp...
1031 sym R (1255 sym/12 pcs) 5 img