Publications by JPAG
Genome arithmetic and intervals
Contents 1 Fluent genomic intervals The plyranges package develops a grammar for reasoning about genomics data analysis, and provides a way of developing short readable analysis pipelines. The package is built on the core Bioconductor data structure GRanges, a type of object that follows tidy data principles: each row contains a single observati...
3428 sym R (14976 sym/34 pcs)
Selección y Regularización
Contents 1 Introducción Los procedimientos de ajuste alternativos exploran los siguientes procedimientos: Precisión de la predicción : siempre que la relación entre la respuesta y sus predictores sea aproximadamente lineal, las estimaciones de mínimos cuadrados tendrán un sesgo bajo. Si \(n>>p\) , lo que significa que el número de observ...
24772 sym R (16116 sym/50 pcs) 7 img
Unsupervised Tidy Genomics
Contents 1 Motivación Con mucha frecuencia se va a querer evaluar cómo las muestras se relacionan entre sí. Por ejemplo, en las aplicaciones, se pueden abordar las siguientes preguntas: ¿Las muestras son similares entre sí? ¿Las muestras del mismo grupo de tratamiento tienen señales similares en todo el genoma? Para paciente con enfermed...
25140 sym R (15065 sym/50 pcs) 19 img 1 tbl
Clasificación
Contents 1 Introducción Se clasificarán variables cuantitativas para predecir variables categóricas, cubriendo los conceptos de preprocesamiento de datos para su uso adecuado al hacer predicciones. Los pasos a seguir son: -Reconocer situaciones en las que un clasificador sería apropiado para hacer predicciones. -Describir qué es un conjunto...
20611 sym R (11368 sym/43 pcs) 6 img 1 tbl
RNA-seq analysis
1 Introduction Experiment with identifier GSE101942 presents evidence that transmembrane protein podocalyxin (PCX) suppresses genes promoting receptivity (eg LIF, CSF1) but stimulates those inhibiting implantation (eg WNT7A, LEFTY2) and is a significant factor regulating human endometrial receptivity. Therefore, down-regulation of podocalyxin sel...
17834 sym R (19431 sym/43 pcs) 5 img
Random Forests
1 Introducción Se emplearán la siguiente paquetería con el énfasis en cómo implementar bosques aleatorios con ranger (Wright and Ziegler 2017). Otra implementación de bosques se lleva cabo con h2o (LeDell et al. 2021). El resto de este material se basa fuertemente en el cap 11 de Boehmke and Greenwell (2020). # data library(mlbench) library...
12454 sym R (4706 sym/9 pcs) 1 img
Procesos estocásticos
1 Modelos deterministas y estocásticos Considérese que la cantidad de bacterias que crecen en un cultivo hasta que se agota su fuente de alimento exhibe un crecimiento exponencial. Un modelo de crecimiento determinista común es afirmar que la población de bacterias crece a tasa fija, digamos \(20%\) por minuto. El modelo determinista no abord...
42799 sym R (10202 sym/31 pcs) 13 img 5 tbl
Cadenas de Markov
1 Introducción y ejemplos Considérense dos modelos inciales (Dobrow 2016; Spedicato 2017). El modelo Wright–Fisher describe la evolución de una población fija de \(k\) genes. Cada gen puede ser de dos tipos, llamados alelos: A o a. Sea \(X _n\) el número de alelos A en la población al tiempo \(n\), con tiempo medido por generaciones. Bajo...
16267 sym R (44487 sym/47 pcs) 5 img 50 tbl
Tarea 1
1 Ejercicio 1 Se convocaron a estudiantes de enfermería y al público en general para registrarse y apoyar como voluntario en los puestos de vacunación contra covid. Si 7 de cada 10 voluntarios son estudiantes de enfermería: 1.1 Probabilidad de 20 fracasos Calcule la probabilidad de que se necesiten 40 voluntarios registrados para completar 2...
5196 sym R (5684 sym/29 pcs) 6 img